fontconfigの設定ファイルをコピーするだけです
~/.var/app/${Application ID}/config/fontconfig/ # ~/.var/app/us.zoom.Zoom/config/fontconfig/
Application IDはflatpak listで確認できます
私はnoto-fonts-cjkの設定ファイルをコピーしてみました
Symlinkは元のファイルにアクセス権が無いと反映されないのでコピーしないといけない
mkdir ~/.var/app/us.zoom.Zoom/config/fontconfig/
cd ~/.var/app/us.zoom.Zoom/config/fontconfig/
cp ../../../../../.config/fontconfig/fonts.conf .
archlinux,font: noto-fonts-cjkの場合は/usr/share/fontconfig/conf.avail/70-noto-cjk.confにあります