fontconfigの設定ファイルをコピーするだけです

~/.var/app/${Application ID}/config/fontconfig/ # ~/.var/app/us.zoom.Zoom/config/fontconfig/

Application IDはflatpak listで確認できます

私はnoto-fonts-cjkの設定ファイルをコピーしてみました

Symlinkは元のファイルにアクセス権が無いと反映されないのでコピーしないといけない

mkdir ~/.var/app/us.zoom.Zoom/config/fontconfig/
cd ~/.var/app/us.zoom.Zoom/config/fontconfig/
cp ../../../../../.config/fontconfig/fonts.conf .

archlinux,font: noto-fonts-cjkの場合は/usr/share/fontconfig/conf.avail/70-noto-cjk.confにあります